Nas décadas de 1930 a 1950, a IPB continuou a crescer e a aperfeiçoar a sua estrutura, criando entidades voltadas para o trabalho feminino, mocidade, missões nacionais e estrangeiras, literatura e ação social. O período terminou com a comemoração do centenário do presbiterianismo no Brasil.

Nessa época, a igreja era constituída dos seguintes sínodos: (1) Setentrional: estendia-se de Alagoas até a Amazônia, estando o maior número de igrejas no Estado de Pernambuco; (2) Bahia-Sergipe: criado em 1950, quando o Presbitério Bahia-Sergipe, antigo campo da Missão Central, dividiu-se nos presbitérios de Salvador, Campo Formoso e Itabuna; (3) Minas-Espírito Santo: surgiu em 1946, abrangendo o leste de Minas e o Espírito Santo, a região de maior crescimento da igreja; (4) Central: formado em 1928, incluía o Estado do Rio de Janeiro, bem como o sul e o oeste de Minas Gerais; (5) Meridional: sínodo histórico (1910-47), abrangia São Paulo, Paraná e Santa Catarina; (6) Oeste do Brasil: foi formado em 1947, abrangendo todo o norte e oeste de São Paulo. No final da década de 50, foram entregues pelas missões os Presbitérios do Triângulo Mineiro, Goiás e Cuiabá.

Nesse período, as missões norte-americanas continuaram o seu trabalho: (1) PCUS: (a) Missão Norte: atuou no nordeste, onde o principal obreiro foi o Rev. William Calvin Porter (†1939); o campo mais importante era o de Garanhuns, onde estavam o Colégio 15 de Novembro e o jornal Norte Evangélico; (b) Missão Leste: atuou no oeste de Minas e depois em Dourados, Mato Grosso, cuja igreja foi organizada em 1951. (c) Missão Oeste: concentrou-se mais no Triângulo Mineiro, onde o casal Edward e Mary Lane fundou em 1933 o Instituto Bíblico de Patrocínio. (2) PCUSA: (a) Missão Central: seus principais campos eram Ponte Nova/Itacira, a bacia do Rio São Francisco, o sul da Bahia e o norte de Minas.; (b) Missão Sul: atuou no Paraná e Santa Catariana, fundindo-se com a Missão Central por volta de 1937. O Rev. Filipe Landes foi grande evangelista no Mato Grosso (norte e sul). Em Rio Verde, Goiás, atuou o Rev. Dr. Donald Gordon, que fundou um importante hospital.

Trabalho feminino: as primeiras sociedades de senhoras surgiram em 1884-85 e as primeiras federações, na década de 1920. Os primeiros secretários gerais do trabalho feminino foram o Rev. Jorge T. Goulart e as sras. Genoveva Marchant, Blanche Lício, Cecília Siqueira e Nady Werner. O primeiro congresso nacional reuniu-se na I. P. Riachuelo, no Rio de Janeiro, em 1941; o segundo congresso realizou-se também no Rio em 1954. A SAF em Revista foi criada em 1954.