No início de agosto de 1903, os independentes organizaram o seu presbitério, com quinze presbíteros e sete pastores (Eduardo C. Pereira, Caetano Nogueira Jr., Bento Ferraz, Ernesto Luiz de Oliveira, Otoniel Mota, Alfredo Borges Teixeira e Vicente Themudo Lessa). Seguiu-se um triste período de divisões de comunidades, luta pela posse de propriedades, litígios judiciais. Uma pastoral do Presbitério Independente chegou a vedar aos sinodais a Ceia do Senhor. O período mais conflitivo estendeu-se até 1906. Nessa época, o Sínodo contava com 77 igrejas e cerca de 6500 membros; em 1907, os independentes tinham 56 igrejas e 4200 comungantes.

O prédio do seminário, no bairro Higienópolis, foi ocupado sem solenidade em setembro de 1899. Os principais professores eram os Revs. John R. Smith e Erasmo Braga (este a partir de 1901); o membro mais destacado da diretoria era o Rev. Álvaro Reis. Em fevereiro de 1907, o seminário foi transferido para Campinas, ocupando a antiga propriedade do Colégio Internacional. A primeira turma de Campinas só se formou em 1912. Entre os formandos estavam Tancredo Costa, Herculano de Gouvêa Jr., Miguel Rizzo Jr. e Paschoal Luiz Pitta. Mais tarde viriam Guilherme Kerr, Jorge T. Goulart, Galdino Moreira e José Carlos Nogueira.

A obra presbiteriana crescia em muitos lugares. A primeira cidade atingida no leste de Minas foi Alto Jequitibá (Manhuaçu) e, no Espírito Santo, São José do Calçado. Os primeiros pastores daqueles campos foram Matatias Gomes dos Santos, Aníbal Nora, Constâncio Omero Omegna e Samuel Barbosa. No Vale do Ribeira, o dinâmico evangelista Willes Roberto Banks continuava em atividade. A família Vassão daria grandes contribuições à igreja.

Em 1907, o Sínodo dividiu-se em dois (Norte e Sul) e em 1910 foi organizada a Assembléia Geral da Igreja Presbiteriana do Brasil. O moderador do último sínodo e instalador da Assembléia Geral foi o veterano Modesto Carvalhosa, ordenado 40 anos antes. A Assembléia Geral foi instalada na Igreja do Rio de Janeiro e o Rev. Álvaro Reis foi eleito seu primeiro moderador. Os conciliares visitaram a Ilha de Villegagnon para lembrar os mártires calvinistas e comemorar o quarto centenário do nascimento de Calvino. Na época, a Igreja Presbiteriana do Brasil tinha 10 mil membros comungantes, outro tanto de menores e cerca de 150 igrejas em sete presbitérios. As demais denominações tinham os seguintes números ­ metodistas: 6 mil membros; independentes: 5 mil; batistas: 5 mil; e episcopais: cerca de mil. Em 1911, a IPB enviou a Portugal seu primeiro missionário, Rev. João da Mota Sobrinho, que lá permaneceu até 1922.

Os missionários americanos continuavam em plena atividade. Devido a divergências quanto ao lugar da educação na obra missionária, a Missão Sul da PCUS dividiu-se em duas: Missão Leste (Lavras) e Missão Oeste (Campinas). O Rev. William Waddell fundou uma influente escola em Ponte Nova, Bahia. Pierce, um filho de Chamberlain, trabalhou na Bahia de 1899 a 1909. A obra presbiteriana no Mato Grosso começou nesse período: os pioneiros foram os missionários Franklin Graham (1913) e Filipe Landes (1915).

Em 1917, foi aprovado o Modus Operandi, um acordo entre a igreja brasileira e as missões norte-americanas, pelo qual os missionários desligaram-se dos concílios da IPB, separando-se os campos nacionais (presbitérios) dos campos das missões. Em 1924, a Assembléia Geral reuniu-se pela primeira sem qualquer missionário como delegado de presbitério.