A Junta de Missões Nacionais da IPB (JMN), desde 1940, tem como objetivo alcançar o país com o Evangelho de Cristo e plantar novas igrejas presbiterianas em território nacional. Atualmente, são mantidos pela JMN 188 missionários em 185 campos. Sendo 50 missionários exclusivos da JMN IPB e 138 em parcerias. Os resultados colhidos por esse trabalho são bastante significativos.

A APMT (Agência Presbiteriana de Missões Transculturais) é uma agência que visa a implantação de Deus e a propagação da fé cristã reformada. Sua missão é fundar igrejas por todo o mundo e em todas as etnias e culturas, seguindo a doutrina da IPB e focalizando a fidelidade à Palavra da Bíblia.